Objęcie urzędu prezydenta przez Władimira Putina w 2000 roku, wniosło kolejne zmiany do stosunków bilateralnych. Stopniowo, coraz większą wagę zaczęto przywiązywać do współpracy gospodarczej, wojskowej i energetycznej, a zmniejszyła się waga spraw politycznych. W dokumencie „Koncepcja polityki zagranicznej FR z 2000 r.”, głównym celem w relacjach z Pekinem jest osiągnięcie wyrównanie poziomu współpracy gospodarczej i politycznej.

Rozpad Związku Radzieckiego i problemy transformacji istotnie uszczupliły wizerunek Rosji jako światowego mocarstwa. Państwa wypełniające przestrzeń postsowiecką, prowadząc własną dyplomację w mniejszym lub większym stopniu uzależniały kurs swojej polityki od Moskwy. Jasnym stało się, że aby utrzymać pozycję na arenie międzynarodowej Rosja musi przedsięwziąć kroki ku budowie nowego sojuszu. Pod koniec lat dziewięćdziesiątych wypracowano koncepcję „strategicznego trójkąta”, opierającego się na potencjale Rosji, Chin i Indii. Głównym założeniem takiej polityki było zrównoważenie mocarstwowej pozycji Stanów Zjednoczonych. Rosjanie mieli zamiar odgrywać dominującą rolę w układzie trójkąta, lecz niechęć konfrontacji z USA, pozostałych dwóch partnerów przekreśliła plany Moskwy.

Nowym forum dialogu chińsko-rosyjskiego stała się powołana do życia w 2001 roku, Szanghajska Organizacja Współpracy (SzOW). Przedstawiciele Chin, Kazachstanu, Kirgistanu, Rosji oraz Uzbekistanu 15 czerwca ogłosili w Pekinie „Deklarację o powstaniu Szanghajskiej Organizacji Współpracy”. Dokument przyjęty w stolicy Chin był efektem współpracy państw członkowskich rozpoczętej jeszcze w okresie prezydentury Borysa Jelcyna.

W ramach SzOW podjęto współpracę w zakresie działania służb specjalnych państw członkowskich, ustanowiono specjalne komitety konsultacyjne w sprawie bezpieczeństwa regionalnego. Deklaracja z 2000 roku, przyjęta w Dusznabe, zagwarantowała zakaz ingerencji w sprawy wewnętrzne państw członkowskich pod pozorem przywrócenia przestrzegania praw człowieka. Dokument przewiduje „poparcie dążeń i wysiłków Chińskiej Republiki Ludowej do zachowania jedności kraju zgodnie z zasadą jednych Chin” oraz „wyrażenie poparcia dla pozycji Federacji Rosyjskiej w sprawie uregulowania sytuacji w Republice Czeczenii”.

„Deklaracja o powstaniu Szanghajskiej Organizacji Współpracy” rozszerzyła zakres działalności na koordynowanie współpracy w dziedzinach: polityki, handlu, gospodarki, nauki, energetyki i innych. Podstawowym celem pozostała walka z „trzema złami” – terroryzmem, separatyzmem i ekstremizmem.

Z uwagi na dysproporcje w potencjale państw członkowskich dominującą rolę w SzOW należy przyznać Chinom i Rosji. Udział Pekinu i Moskwy z jednej strony gwarantuje utrzymanie względnej stabilności w regionie. Jednak w polityce tych państw można zaobserwować współistniejące tendencje do współpracy i rywalizacji w regionie. Rosja cierpi na „kompleks imperium” i stara się za wszelką cenę utrzymać wpływy w dawnych republikach radzieckich. ChRL jest atrakcyjnym partnerem z powodu ogromnych możliwości inwestycyjnych, a także chłonnego rynku surowców energetycznych, które obficie występują w tych państwach. SzOW ma duże znaczenie z punktu widzenia bezpieczeństwa regionalnego, co osłabia wpływy Waszyngtonu w Azji Centralnej.

W sprawach o zasięgu globalnym Pekin i Moskwa często mówią jednym głosem. Rok 2005 przyniósł podpisanie „Deklaracji w sprawie porządku światowego w XXI wieku” , formułuje on wspólne stanowisko wobec głównym problemów stosunków międzynarodowych nowego stulecia. Zapewnienie kluczowej roli ONZ w rozstrzyganiu sporów międzynarodowych, wielobiegunowość w stosunkach międzynarodowych, zwalczanie terroryzmu oraz dążeń separatystycznych, a także sprzeciw wobec dominującej roli jednego mocarstwa w ładzie światowym, to najważniejsze postanowienia deklaracji.

Część postulatów jasno uderza w amerykańskie dążenia do rozszerzenia wpływów w Azji. Poza wspólną krytyką FR i ChRL nie starają się wypracować wspólnej polityki wobec Waszyngtonu, lecz indywidualnie modelują swoje stosunki z USA.

Po wypowiedzeniu wojny światowemu terroryzmowi przez Georga W. Busha, Putin ograniczył antyamerykańskie akcenty w stosunkach z Chinami. Odbiło się to czkawką na linii Moskwa-Pekin, ponieważ zachwiana została podstawa strategicznego partnerstwa, czyli postawa sprzeciwu wobec amerykańskiej dominacji.

Współpraca wojskowa jest bardzo ważna dla Rosji ze względów ekonomicznych. Rozpad Związku Radzieckiego doprowadził do zamknięcia dotychczasowych kierunków eksportu broni i postawił pod znakiem zapytania przyszłość przemysłu zbrojeniowego. Chiński rynek zbytu, utrzymuje przy życiu lwią część rosyjskiej zbrojeniówki, a także pozwala na realizację projektów badawczych. Udział ZSRR, a następnie Rosji w eksporcie sprzętu wojskowego dla ChRL wyniósł 90 proc . Obecnie ponad połowa produkcji rosyjskich zakładów zbrojeniowych trafia do Chin. Współpraca wojskowa rozszerza się stopniowo i obejmuje także udzielenie licencji na produkcję samolotów wielozadaniowych oraz sprzedaż myśli technicznej. Podjęto także wspólne prace nad rozwojem nowej technologii w uzbrojeniu.

"Chiny są jednym z niewielu państw, z którym nasza współpraca jest kalkulowana na lata, a może i na dziesięciolecia" podkreślał Putin w czasie lutowej konferencji prasowej. Należy się więc spodziewać, iż obecne partnerstwo strategiczne będzie pogłębiane. „Niewygodne” tematy dotyczące m.in. chińskiej ekspansji w Azji Środkowej, przynajmniej w najbliższym czasie, pozostaną przemilczane, choć poprzez rosyjskie działania dochodzić będzie do próby neutralizacji podobnych zjawisk.