Władze Południowego Sudanu zażądały wycofania ze swojego terytorium oddziałów ugandyjskiego wojska, które uczestniczą w operacji wymierzonej w rebeliantów z Armii Bożego Oporu (LRA).

Ugandyjska armia jest obecna w regionie przygranicznym od 2002 r., a jej główne zadanie to zapobieganie przenikaniu na tereny Północnej Ugandy powstańców z LRA. Jednakże przedstawiciele władz Południowego Sudanu twierdzą, że za niedawnymi atakami na ludność cywilną stoi właśnie ugandyjskie wojsko, a nie rebelianci z LRA, jak wcześniej przypuszczano.

14 czerwca br. grupa około 30 uzbrojonych mężczyzn napadła na wioskę Nyongwa na terytorium Sudanu, zrabowała zapasy żywności oraz porwała jednego z mieszkańców, którego ciało zostało odnalezione trzy dni później.

Riek Machar, wiceprezydent autonomicznego południa poinformował, że pierwotnie atak przypisano powstańcom LRA działającym na pograniczu Sudanu i Ugandy. Jednakże,  w wyniku przeprowadzonego śledztwa ustalono, że w rajdzie uczestniczyli żołnierze Ludowych Sił Obrony Ugandy, które stacjonują w strefie przygranicznej. Zespół monitorujący zawieszenie ognia między LRA a rządem Ugandy, w skład którego wchodzą przedstawiciele Sudanu, Mozambiku, Kenii, RPA i Tanzanii, odnalazł na miejscu zdarzenia ugandyjskie uniformy oraz dokumenty.

Riek Machar wysłał oficjalne pismo do ministra spraw wewnętrznych Ugandy i jednocześnie głównego negocjatora strony rządowej, Ruhakana Rugunda, wyrażające zaniepokojenie działaniami ugandyjskich oddziałów wojskowych. Jednak rzecznik sił zbrojnych Ugandy Paddy Ankunda poinformował, że jego rząd nie otrzymał żadnej formalnej decyzji nakazującej ugandyjskim żołnierzom opuszczenie Sudanu.

Od 1989 r. Armia Bożego Oporu (Lord’s Resistance Army) i stojący na jej czele Joseph Kony pustoszą północną Ugandę. LRA nie posiada w zasadzie spójnego programu, jej ideologia to mieszanina wierzeń chrześcijańskich i starych afrykańskich kultów a sam Kony pełni bardziej rolę proroka niż przywódcy politycznego. Jego żądania ograniczały się dotąd do pragnienia ustanowienia w Ugandzie „rządu kierującego się dziesięcioma przykazaniami”. Walka LRA z rządem prezydenta Museveniego prowadzona jest pod znakiem masowych zbrodni na miejscowej ludności. W wyniku dotychczasowych działań zbrojnych zginęły dziesiątki tysięcy ludzi, a około dwa miliony innych musiało uciekać ze swych domów.

W sierpniu 2006 r. strony konfliktu rozpoczęły negocjacje nad ostatecznym porozumieniem pokojowym. Uroczyste podpisanie układu pomiędzy przedstawicielami rządu a rebeliantami miało mieć miejsce w kwietniu, po wielomiesięcznych trudnych rozmowach w sudańskim mieście Dżuba. Jednakże Joseph Kony nie pojawił się na uroczystości mimo wcześniejszych zapowiedzi jego wysłanników. Obserwatorzy podkreślają, że nikt nie widział Kony'ego już od miesięcy, nie brał on osobiście udziału w żadnej z kluczowych rozmów negocjacyjnych, ukrywając się w Garamba Forest w DRK. Co więcej ciążą nad nim poważne oskarżenia Międzynarodowego Trybunału Karnego w Hadze, która obwinia go o gwałty, mordy i przede wszystkim masowe uprowadzenia dzieci do swej armii. Jednak Kony pozostaje nieuchwytny, a jego najbliżsi współpracownicy zaznaczają, że nie złożą broni, dopóki Trybunał nie odwoła swych nakazów aresztowania.