"Nasz prezydent dokładnie słucha Rosji - przekonywał Nazim - Rosja to batiuszka, a Tadżykistan to jego ulubione dziecko."

Powyższa wypowiedź mieszkańca Duszanbe, przytoczona w artykule Marcina Kołodziejczyka "Bóg jest, to wojny nie będzie" (Polityka, nr 42/2001) dość dobrze opisuje zależność polityki Tadżykistanu od Rosji. Analitycy stosunków międzynarodowych używają wprawdzie nieco bardziej wyszukanej terminologii opisując wzajemne relacje tych dwóch państw, jednak potwierdzają one w zasadzie opinię Tadżyka indagowanego przez dziennikarza "Polityki". O Tadżykistanie mówi się jako o "najwierniejszym sojuszniku Rosji w regionie", "państwie, gdzie wpływy Rosji są największe", opisuje się go jako "najlepszy dla Rosji model zagwarantowania rosyjskich interesów", kraj, w którym Rosja zapewniła sobie "niekwestionowaną dominację". Prezydent kraju Emomali Rachmonow wg opinii cytowanego już Marcina Kołodziejczyka to "były agronom z kołchozu (…), który we wszystkim słucha Moskwy".

1. W czasie wojny domowej 1992-1997

Wojna domowa, która wybuchła w Tadżykistanie w 1992 r. i w ciągu następnych 5 lat pochłonęła wg różnych źródeł od 60 do 200 tys. ofiar, miała złożony charakter. Przeciw sobie wystąpiły:

· lokalne klany (z jednej strony leninabadzki, związany z Uzbekami z Chodżentu na północy kraju oraz kulabski, z którego wywodził się przyszły prezydent Emomali Rachmonow; z drugiej karategiński i pamirski ze wschodu i południa)
· pod względem ideologicznym starli się eks-komuniści chcący utrzymać swoje wpływy w republice oraz dążący do utrzymania świeckości państwa, a z drugiej strony swoje siły złączyły opozycja demokratyczna z islamistami
· częściowo walki miały charakter etniczny (konflikt tadżycko-uzbecki)

Strony konfliktu były ponadto w dyskretny sposób wspierane przez niektóre państwa regionu: Zjednoczona Opozycja Tadżykistanu w różnych okresach cieszyła się poparciem Iranu, afgańskiego Sojuszu Północnego pod kierownictwem komendanta Massuda, a niektóre jej odłamy - także pakistańsko-afgańskich Talibów.

Rosja, po pewnych początkowych wahaniach, postawiła na "komunistów" (klany leninabadzki i kulabski). Formalnie rosyjska 201 Dywizja oraz wojska ochrony pogranicza były neutralne, podobnie jak wprowadzone później w rejon konfliktu oddziały rozjemcze WNP. Faktycznie jednak, brały one udział w walkach po stronie rządowej, np. w połowie 1993 r. "czyszcząc" pogranicze z oddziałów opozycyjnych. Rosyjski kontyngent liczył maksymalnie około 30 tys. żołnierzy i strzegł południowej granicy państwa (opozycjoniści zostali częściowo wyparci na terytorium Afganistanu).

Wojna, wbrew pozorom, okazała się korzystna z punktu widzenia rosyjskich interesów w Tadżykistanie i całym regionie. Uzasadniała ona konieczność utrzymania rosyjskiej obecności militarnej, a wsparcie udzielane klanowi kulabskiemu, zyskującemu przewagę, ale niezbyt popularnemu w kraju, dawało możliwość kontrolowania nowych władz. Brak silnego oparcia w kraju sprawiał, że przyszli zwycięzcy byli od początku "uzależnieni" od rosyjskich dobroczyńców, a ponadto w społeczeństwie, zmęczonym walkami, Rosja zyskiwała opinię jedynej siły zdolnej przywrócić pokój.

Pod koniec 1993 r. jednak również i sama Rosja zaczęła dotkliwie odczuwać przedłużający się konflikt, który wciąż był daleki od zakończenia. Mającej dość własnych kłopotów Rosji Tadżykistan zaczął ciążyć zarówno finansowo, jak i politycznie (niekończące się chaos i niestabilność mogły okazać się "zaraźliwe"). Po stronie rosyjskiej zaczęły się także pojawiać straty ludzkie. Dlatego też do tradycyjnego rosyjskiego celu, jakim było utrzymanie obecności i wpływów w Azji Środkowej, doszedł kolejny: zakończenie konfliktu zbrojnego.

Jeszcze w maju 1993 r. zawarto ramowy "Traktat o przyjaźni i dobrym sąsiedztwie" między Tadżykistanem a Rosją (zagwarantowano w nim m.in., że wojska rosyjskie pozostaną w Tadżykistanie co najmniej do zakończenia wojny). Pod koniec 1993 r. pod patronatem Moskwy rozpoczęto przygotowania do rozmów pokojowych opozycji (z liderem Saidem Abdullo Nurim) oraz strony rządowej (reprezentowanej przez Emomalego Rachmonowa). Negocjacje, rozpoczęte w kwietniu 1994 r., w pierwszym okresie toczyły się niemrawo: pomimo odbycia kilku rund, do porozumienia wciąż było daleko. Miała w tym swój udział także i Rosja, która nie była wiarygodna w roli "arbitra", jako że cały czas wyraźnie popierała (także militarnie) jedną ze stron konfliktu,

Pat utrzymywał się przez cały 1995 r. Sytuacja zmieniła się natomiast radykalnie pod koniec 1996 r. Prawie całkowite zwycięstwo Talibów w Afganistanie (tylko na północy utrzymały się oddziały Massuda) przeraziło Moskwę, obawiającą się planów utworzenia muzułmańskiego, wahabickiego "kalifatu" w Azji Środkowej. Zakończenie pełzającego konfliktu w Tadżykistanie stało się absolutnym priorytetem. I bardzo szybko coś, co wcześniej wydawało się nierealne, stało się możliwe: po łącznie 8 rundach negocjacji (od 1993 r.) w Moskwie 26 czerwca 1997 r. podpisano porozumienie kończące wojnę. Przewidywało one polityczne, a nie militarne rozwiązania, tzn. opozycja dostała około 1/3 stanowisk w nowym rządzie; utworzono Komisję Pojednania Narodowego; zapewniono opozycji miejsca w komisjach wyborczych oraz złożono obietnicę przeprowadzenia wolnych wyborów.

Spektakularnie szybkie zakończenie wojny w 1997 r., niewątpliwie inspirowane głównie przez Rosję, prowokuje do wniosku, że kiedy tylko sytuacja zaczęła się niebezpiecznie wymykać spod rosyjskiej kontroli, przywrócenie pokoju okazało się nadspodziewanie łatwe. Świadczy to według wszelkiego prawdopodobieństwa o dość instrumentalnym rozgrywaniu tadżyckiego konfliktu przez Moskwę. Tym niemniej prestiż Rosji w oczach Tadżyków urósł: rosyjskie wojsko (zwłaszcza 201 Dywizja) stało się najlepszym gwarantem utrzymania kruchej stabilizacji.

2. Od zawarcia pokoju w 1997 r. do 11.09.2001 r.

Utrzymujący się w latach następnych lęk przed Talibami wpływał dodatnio na pozycję Rosji w Azji Środkowej. Jednocześnie jednak wydaje się, że "zagrożenie islamskie" Rosja rozgrywała w bardziej subtelny sposób. Działając z terytorium Tadżykistanu, radykalny Islamski Ruch Uzbekistanu dokonywał wypadów zbrojnych na Kirgistan i Uzbekistan (tzw. kryzysy batkeńskie 1999-2000). Wydaje się, że nie mogło się to odbywać całkowicie poza wiedzą Rosji. Toteż prawdopodobny jest wniosek, że Rosja posługiwała się radykalnymi islamistami do wzniecania niepokojów i utrzymywania napięcia w regionie (a zwłaszcza destabilizując Uzbekistan, najbardziej niezadowolony z rozstrzygnięć, jakie zapadły w tadżyckiej wojnie domowej; z terenu Tadżykistanu operował podobno główny wróg władz w Taszkiencie, Dżuma Namangani).

W samym Tadżykistanie dzięki wsparciu Rosji rozprawiono się co prawda z elementami otwarcie kwestionującymi zawarte porozumienia pokojowe (np. z uzbeckim pułkownikiem Chudojberdijewem), jednakże analitycy podkreślają, że sytuację w kraju najlepiej oddawało sformułowanie "kontrolowanej (przez Rosję) niestabilności". Sporadycznie wybuchały walki (np. jeszcze na początku lata w 2001 r.). Dawało to Rosji instrumenty wywierania wpływu na politykę Tadżykistanu, legitymizowało jej militarną obecność. Rosja robiła mało albo niewiele aby ograniczyć rozwój radykalnego, anty-uzbeckiego (w sensie kwestionowania polityki uzbeckiego rządu) islamu w Tadżykistanie, tolerowała narkotykową kontrabandę przez granicę tadżycko-afgańską, kryminalizację państwa i korupcję. Krzysztof Strachota, analityk z OSW, pisał w tym kontekście w 2001 r. o Tadżykistanie, że jest "najlepszym dla Rosji modelem zagwarantowania rosyjskich interesów, modelem, w którym kontrolowana niestabilność i konflikty, zarówno wewnętrzne, jak i zewnętrzne, są stanem wzorcowym."

Rosja poczyniła też pewne kroki, aby zalegalizować w sensie prawnym swoją obecność militarną (choć bowiem w latach 1997-1998 pokojowe oddziały WNP, np. uzbeckie, opuściły Tadżykistan, Rosjanie pozostali). W kwietniu 1999 r. ogłoszono projekt i podpisano wstępne porozumienie dotyczące utworzenia nowej bazy rosyjskiej w Tadżykistanie (co wywołało głębokie niezadowolenie w Uzbekistanie; porozumienie ratyfikowano w 2001 r.). Oddziały rosyjskie cały czas stacjonowały w Duszanbe, Kurgan-Teppe, w rejonie Chodżentu, kontrolowały i patrolowały granice państwa. Tym niemniej, w omawianym okresie nie doszło do ostatecznego uregulowania statusu wojsk rosyjskich stacjonujących w Tadżykistanie.

Można zauważyć, że rosyjska polityka wobec Tadżykistanu w tym okresie koncentrowała się na kwestiach bezpieczeństwa (rozumianego przede wszystkim w kategoriach militarnych). Sytuację zmieniły dopiero zamachy z 11.09.2001 i interwencja amerykańska w Afganistanie, w wyniku której pod koniec 2001 r. reżim Talibów upadł.