Al Jazeera została powołana do życia królewskim dekretem emira Kataru w lutym 1996 roku, zaś pierwszy program wyemitowała 1 listopada 1996 roku.

1 stycznia 1999 roku, jako pierwsza arabska stacja telewizyjna zaczęła nadawać informacje 24 godziny na dobę.[1]

Początkowo kadrę dziennikarską Al Jazeery tworzyli byli współpracownicy BBC. Bowiem na początku 1996 władze Arabii Saudyjskiej zaczęły żądać od BBC wpływu na arabskojęzyczną stację telewizyjną, którą współtworzyły BBC i saudyjska firma Orbit. W odpowiedzi BBC zamknęła stację, natomiast byli arabscy dziennikarze BBC dołączyli do formującej się Al Jazeery. W nowo powstającej stacji wykorzystali również brytyjskie formaty programów.[2]

Do stacji trafiali najlepsi dziennikarze z regionu, którzy dotąd mieli zakneblowane usta, bo we wszystkich krajach arabskich działa cenzura. Początkowo była to jednak stacja wyłącznie regionalna, znana głównie z tego, że więcej niż w tradycyjnych mediach można w niej było powiedzieć o rodzinach panujących w świecie arabskim. Po niektórych materiałach pojawiały się naciski innych krajów regionu na władze Kataru, by ograniczyły swobodę dziennikarzy. Próbowano blokować dostęp Al Jazeery do sieci kablowych, ale stacja była wciąż dostępna przez satelitę i w końcu rządzący pogodzili się z jej istnieniem. W skali globu Al Jazeera zasłynęła dopiero po atakach na USA 11 września 2001 roku, gdy zaczęła nadawać taśmy z przesłaniami Osamy ben Ladena.[3]

Al Jazeera była jedyną stacją, która relacjonowała wojnę w Afganistanie z obozów talibów, a nie z amerykańskich czołgów. W kwietniu 2004 roku tylko ona nadawała z oblężonej al Falludży, matecznika irackich rebeliantów. Zdjęcia cywilnych ofiar bomb lotnictwa USA, kobiet i dzieci, przyczyniły się do gwałtownego wzrostu wrogości Irakijczyków do okupantów.[4] Paradoksalnie wojna w Afganistanie pomogła stacji również w kwestiach finansowych. Będąc jedyną zagraniczną telewizją w Afganistanie, mogła sprzedawać swój materiał oraz wynajmować własny sprzęt innym stacjom. Również sprzedaż nagrań z przemówieniami Ben Ladena stanowiły źródło dochodu.[5]

Druga wojna w Zatoce była dla telewizji Al Jazeera tym, czym pierwsza wojna była dla CNN. Miliony widzów, tym razem w świecie arabskim, przełączyły się na kanał katarskiej stacji, by na żywo oglądać sceny z pola walki. Stacja może pochwalić się około 35 mln widzów.[6] Stacja zyskała wówczas niebywałą popularność, bo jako jedna z nielicznych stacji miała korespondentów w wielu miastach irackich, co pozwalało jej pokazywać wojnę z drugiej strony. Większość stacji zachodnich towarzyszyła tylko żołnierzom amerykańskim.[7]
 
Al Jazeera nie skupia się jedynie na wydarzeniach dotyczących muzułmanów. Szeroko informowała o chorobie papieża Jana Pawła II oraz emitowała programy i filmy jemu poświęcone. Transmitowała również uroczystości pogrzebowe. W tym celu wysłała do Watykanu dwie ekipy telewizyjne.[8]

W krajach Europy i w USA arabskojęzyczna Al Jazeera nazywana jest przez swych przeciwników "megafonem Osamy ben Ladena", głównie z powodu emitowania przesłań przywódców al Kaidy oraz nadawaniem obrazów z zakładnikami oraz ich egzekutorami z Iraku. Jusuf Karadawi, główny publicysta religijny stacji usprawiedliwia zamachowców z Hamasu, choć potępia ataki terrorystyczne w Europie i Ameryce.[9]
 
Zdaniem Adama Michnika „Al Jazeera, pokazując okrutne mordy porwanych zakładników, stała się instrumentem w rękach fanatycznych morderców z al Kaidy i innych organizacji. Propagowanie dokonań tych, którzy niosą kłamstwo, przemoc i śmierć, jest oburzające. Wolność słowa dla tych, co wzywają do mordu jest zaprzeczeniem istoty wolności; wolność może być tylko udziałem żywych, a nie mordowanych w imię czegokolwiek”.[10]  Jednakże na większą brutalność scen w telewizjach arabskich, brak zakazu pokazywania zakrwawionych zwłok, zmasakrowanych szczątków ciała ludzkiego ma także wpływ inny stosunek do przemocy na Bliskim Wschodzie niż w Europie. Arabskie telewizje stale pokazują ciała palestyńskich zamachowców-kamikadze i ich izraelskich ofiar.[11]
 
W kwestii emisji oświadczeń terrorystów stacja również broni swego punktu widzenia. W wywiadzie dla Gazety Wyborczej w 2006 roku ówczesny dyrektor Nigel Parsons stwierdził, że „Każde oświadczenie jest analizowane, zanim znajdzie się na antenie. W przeszłości zdarzało się, że Al Jazeera zdecydowała się nie emitować kaset przysłanych przez Osamę ben Ladena. Emitowały je zaś telewizje zachodnie.” Przytoczył również przykład amerykańskiej stacji ABC, która pokazała wywiad z czeczeńskim watażką Szamilem Basajewem. „Wówczas rząd rosyjski ostro protestował. Groził, że wyrzuci ABC z Rosji. Amerykanie byli wściekli, twierdzili, że narusza się ich wolność wypowiedzi. A jeśli my pokażemy kilka minut kasety z Osamą, zaraz okazuje się, że jesteśmy "telewizją terrorystów". Trudno o lepszy przykład hipokryzji.”[12]
 
Wadah Khanfar, dyrektor stacji w wywiadzie dla Foreign Policy w 2005 stwierdził, że: „dziennikarze stacji kształcili się na Zachodzie. Nie jesteśmy propagatorami antyamerykanizmu. Naszą reputację zawdzięczamy wolności słowa jaką mają nasi dziennikarze, a władze Kataru nie wtrącają się w działalność stacji”.[13] Z kolei w wywiadzie dla Newsweeka w 2006 roku przypomniał, że Al Jazeera „transmitowała ponad 5 tys. godzin wypowiedzi „na żywo” Busha, tłumaczonych symultanicznie na język arabski. Natomiast nagrań Ben Ladena nie więcej niż 5 godzin. 3 naszych dziennikarzy zginęło w Iraku. Kilku naszych dziennikarzy było zatrzymanych, niektórzy siedzieli w więzieniu Abu Ghraib. Wojska amerykańskie zbombardowały nasze biuro w Bagdadzie.”[14]

Korespondenci stacji ani razu nie poparli zamachów na siły koalicji w Iraku. Stacja nie transmitowała „na żywo” żadnego zamachu na żołnierzy amerykańskich w Iraku. Również nie pokazała ani jednej egzekucji zakładnika. Nie ma także dowodu, by o jakimś ataku wiedziała z wyprzedzeniem.[15]  W 2003 roku władze nowojorskiej giełdy poprosiły dziennikarzy stacji o opuszczenie terenu giełdy. Rzecznik giełdy Ray Pellecchia tłumaczył, że Arabom odebrano akredytacje ze "względów bezpieczeństwa", a także dlatego, że według niego na giełdzie powinni pozostać ci dziennikarze, którzy "faktycznie zainteresowani są transakcjami i w sposób odpowiedzialny relacjonują wydarzenia na rynku finansowym".[16] W 2005 roku rosyjskie MSZ uznało, że katarska telewizja całkowicie wypacza rzeczywisty obraz sytuacji w Czeczenii. Jego zdaniem nadawane przez stację materiały  na zamówienie miały na celu podważenie autorytetu Rosji w świecie islamu.[17]
 
Niemniej jednak komentatorzy zwracają uwagę, że model dziennikarstwa prezentowany przez Al Jazeerę jest znacznie lepiej odbierany przez arabskiego widza niż sterylny obiektywizm CNN. Według niektórych znawców tematu ścisła bezstronność przekazu dziennikarskiego jest dostosowana do potrzeb amerykańskiego systemu politycznego i nawet w tym kraju rzadko jest bezwzględnie przestrzegana. Natomiast na Bliskim Wschodzie inne są tradycje komunikowania – wynikają one chociażby  ze specyfiki języka arabskiego, który bynajmniej nie jest językiem „zwięzłym i jasnym”, zwykle też jest bardziej nacechowany emocjonalnie niż języki europejskie.[18]
 
Krytyka Al Jazeery nie pochodzi jedynie z Zachodu. Przede wszystkim rządom państw arabskich nie podobają się audycje stacji. Dziennikarze BBC już w 1999 roku uważali, że stacja emituje programy poruszające problemy świata arabskiego, również natury politycznej. Szczególnie mocno atakowany jest przez rządy tych państw talk – show „Al-Ittidżah al-Muakis” (po arabsku: Przeciwny kierunek), w którym często występują obywatele tych państw krytykując działania swoich rządów. Dlatego np. władze Jordanii w listopadzie 1998 nakazały zamknąć lokalne biura stacji, argumentując swe działania obroną przed celowymi atakami skierowanymi przeciwko jordańskiemu społeczeństwu.[19] W marcu 2001 roku władze Autonomii Palestyńskiej „po obrażeniu Jasera Arafata” (informacje o udziale Palestyńczyków w wojnie domowej w Libanie) czasowo zamknęły biuro Al Jazeery w Ramallah.[20]

W sierpniu 2002 Jordania odwołała swojego ambasadora z Kataru i zażądała przeprosin od katarskiego rządu. Miesiąc później podobnie uczyniła Arabia Saudyjska,  gdy wyemitowano program zdaniem władz obraźliwy dla rodziny królewskiej.[21] Podczas pierwszych 10 lat działalności (do 2006 roku) dziennikarze stacji musieli opuścić (często tylko tymczasowo) Iran, Irak, Arabię Saudyjską, Syrię, Tunezję, Egipt i Jordanię. Nieprzychylne opinie o arabskich rządach mają również ekonomiczne konsekwencje. Al Jazeera cierpi z powodu bojkotu reklamodawców, którzy ulegają presji swoich rządów, szczególnie Arabii Saudyjskiej.[22]
 
W marcu 2008 roku władze Izraela zarzuciły Al Jazeerze jednostronność przekazu polegającą na faworyzowaniu skrajnie antyizraelskiego ruchu Hamas. Sankcjami miały być odmowy wydania nowych wiz pracownikom sieci.[23] Paradoksalnie oskarżana o antysemityzm stacja poświęca na emisję wystąpień Izraelczyków najwięcej czasu ze wszystkich stacji spoza Izraela. Jako pierwszy arabski kanał pozwoliła Izraelczykom przemawiać na swojej antenie w języku hebrajskim. Takie postępowanie spotyka się z krytyką ze strony części Arabów oskarżających nawet stację o szerzenie syjonizmu.[24]
 
W trakcie walk armii izraelskiej z Hamasem w styczniu 2009 roku dziennikarze Gazety Wyborczej stwierdzili, że na antenie Al Jazeery palestyńskie ofiary są określane wyłącznie mianem "męczenników", izraelskie są tylko na chłodno podliczane. Stacja regularnie nadawała wywiady z rannymi w szpitalach w Gazie, pokazuje zdjęcia zakrwawionych dzieci, rozmowy z oszalałymi z rozpaczy rodzicami oraz zdjęcia z propalestyńskich demonstracji w Rabacie, Damaszku czy Bejrucie.[25] Obiektywizmu stacji podczas tego konfliktu broni jednak udział izraelskich polityków w jej programach. W języku arabskim mogą tłumaczyć powody działań Izraela. Na antenie stacji występowała w styczniu 2009 roku m.in. minister spraw zagranicznych Izraela  oraz rzecznik armii izraelskiej.[26]