Velupillai Prabhakaran urodził się 26 listopada 1954 roku w Dżafnie (największe miasto w północnej części Sri Lanki, stolica „kraju” Tamilów). Był najmłodszym z czworga dzieci Vallipuram Parvathi i Tiruvenkatam Velupillai. Rodzina Prabhakarana należała do klasy średniej. Jego ojciec pracował jako urzędnik państwowy. Był to człowiek surowy i praworządny, który wymagał od swych dzieci całkowitej dyscypliny. Matka była bardzo religijna, od najwcześniejszych lat zabierała dzieci do hinduskich świątyń i uczyła ich pobożności. Prabhakaran był oczkiem w głowie całej rodziny. Nazywano go w dzieciństwie turai (j. tamilski: lord)[1], lub aracan (j. tamilski: król).[2]

Prabhakaran spędził dzieciństwo w Velvettiturai (VVT), rodzinnym mieście swego ojca. W okresie szkoły podstawowej był żywym, czasami niegrzecznym uczniem, niewybijającym się szczególnie w nauce, czym bardzo martwił swego ojca, który wysoko cenił edukację. Sąsiedzi i koledzy ze szkoły wspominają go bardzo życzliwie. „Prabhakaran pomagał rodzinie w czasie uroczystości religijnych oraz chętnie załatwiał różne sprawy sąsiadom i krewnym.”[3]

Logo Tamilskich Tygrysów

Tamilowie z VVT mieli konserwatywne poglądy, popierali umiarkowaną politykę Tamilskiego Kongresu[5]. VVT było jednym z nielicznych miejsc w Dżafnie, w którym Partia Federalna (FP)[6] nie zorganizowała swoich manifestacji (satjagraha) w 1961 roku. Pod innymi względami VVT nie różniło się od innych tamilskich miasteczek na północy Sri Lanki. Jego mieszkańcy, jak większość Tamilów ze Sri Lanki, byli bardzo zainteresowani walką Indii o niepodległość. Fotografie indyjskich bohaterów, takich jak Mahatma Gandhi, Jawaharlal Nehru, Swami Vivekanda czy Subash Bose znajdowały się w każdym tamilskim domu. Dzień 15 sierpnia, w którym Indie obchodziły święto niepodległości, był dla mieszkańców VVT dniem szczególnym.

Ojciec Prabhakarana cieszył się uznaniem w swoim środowisku. Interesował się polityką, często brał udział w dyskusjach o pogarszającej się sytuacji Tamilów na Sri Lance. Młody Prabhakaran towarzyszył ojcu w tych rozmowach, które raz toczyły się w języku tamilskim, innym razem w angielskim, i choć nie rozumiał za wiele, bacznie się im przysłuchiwał. W ten sposób mały chłopiec zapoznawał się z polityką i historią konfliktu tamilsko - syngaleskiego.

Ponieważ szkoła nie interesowała małego Prabhakarana, poświęcał swój czas innym zajęciom. Fascynowało go szczególnie życie i działalność dwóch Indusów: Subash Chandra Bose[7] i Bhagat Singha[8]. Chciał być taki jak oni. Często powracał do książek o Bose. Szczególnie upodobał sobie jedną z jego sentencji: „Będę walczył o wolność mojej ziemi, aż do ostatniej kropli krwi.”[9] To zdanie miało stać się również późniejszym mottem Prabhakarana.

Mały Prabhakaran często uczestniczył w spotkaniach, podczas których mówiono o zbrodniach syngaleskich wyrządzonych Tamilom oraz wzywano do budowy tamilskiego oporu. W domu ojciec i jego goście często wymieniali się własnymi doświadczeniami lub opowiadali historie, o których słyszeli. Jedna z nich dotyczyła kobiety i jej rodziny, która ucierpiała z powodu zamieszek na tle rasowym w 1958 roku.. Historia ta zapadła głęboko w pamięć Prabhakarana, po latach wspominał: „Największy wpływ na moje późniejsze życie miały przerażające wydarzenia z czasu zamieszek etnicznych w 1958 roku. Byłem wtedy w szkole podstawowej, ale słyszałem o strasznych zbrodniach, które dotykały naszych ludzi. Niejednokrotnie słyszałem opowieści o tym jak nasi ludzie byli brutalnie mordowani przez syngaleskich rasistów. Pewnego razu spotkałem wdowę, przyjaciółkę naszej rodziny, która opowiedziała mi o swoich okropnych doświadczeniach, które dotknęły ją z powodu nienawiści rasowej Syngalezów. W trakcie owych zamieszek syngaleska banda napadła na jej rodzinę mieszkającą w Kolombo [stolica Sri Lanki]. Zamachowcy podpalili ich dom i zamordowali męża. Ona wraz z dziećmi uciekła z rozległymi poparzeniami. Byłem wstrząśnięty, gdy zobaczyłem straszne blizny na jej ciele. Słyszałem także przerażające historie o tym jak małe dzieci były wrzucane żywcem do ognia. Gdy słuchałem o tych okrucieństwach odczuwałem głębokie współczucie i miłość do moich ludzi. Ogarniało mnie wtedy ogromne pragnienie wyrwania mych ludzi z tego rasistowskiego reżimu. Czułem, że tylko walka zbrojna jest jedynym sposobem na walkę z systemem, który wykorzystuje armię przeciwko bezbronnym, niewinnym ludziom.”[10]

Młody wojownik często opowiadał te historie swoim kolegom ze szkoły. Kiedy inni chłopcy interesowali się sportem, on uwielbiał bawić się procą. Jego pierwszymi ofiarami były kameleony, wiewiórki i ptaki. Jednym z jego kolegów był Sathasivan Krishnakumar, który w przyszłości miał zostać jednym z najbardziej surowych dowódców LTTE w Dżafnie. Prabhakaran i Kittu (tak nazywano Krishnakumara) mieli w zwyczaju bawić się w konstruowanie bomb. Napełniali butelki po napojach środkami chemicznymi, skradzionymi ze szkoły i zapalali je. Kilka razy zdetonowali takie bomby w szkole, jednak nigdy nie zostali przyłapani.

Kiedy lata 70. przyniosły zapowiedź walki zbrojnej, Prabhakaran zaczął przygotowywać się do bitwy, która miała wkrótce nastąpić. Rozpoczął morderczy trening. Potrafił na przykład sam siebie związać i cały dzień leżeć na słońcu. Kładł się również na workach wypełnionych chili. Wbijał sobie nawet pineski za paznokcie. Innym razem chwytał insekty, tyle razy kłuł je igłą, aż zdychały. Robił to, by przygotować się psychicznie na przyszłe torturowanie „wroga”.[11]