W referendum z 14 września 2003 Estończycy opowiedzieli się za przystąpieniem do struktur europejskich, co nastąpiło w maju 2004 r. Malutka Estonia, z 1,3 mln obywateli żyjącymi na 45 tys. km. kw. była jednak zaliczana do tzw. bałtyckich tygrysów gospodarczych. Rządy w Tallinie pomimo znacznych różnic ideologicznych realizowały konsekwentnie liberalną politykę gospodarczą, dzięki czemu kraj poradził sobie z dwoma potężnymi kryzysami ekonomicznymi: z okresu transformacji oraz załamania się rosyjskiego rynku w 1998 r.

Przystępując 5 lat temu do struktur UE Estonia liczyła na dalszy rozwój, stopniowe zmniejszanie dystansu do bogatej, ‘Starej Uni’ oraz umacnianie solidarności europejskiej i regionalnej, głównie w kontekście bardzo licznej mniejszości rosyjskojęzycznej. I choć nie można powiedzieć, by Estonia straciła na członkostwie, to po 5 latach znajduje się w bardzo złej sytuacji gospodarczej. Jest to już jednak wina światowej recesji oraz błędów polityki wewnętrznej a nie obecności w UE.  

Rządowy program z kwietnia 2004 r. określał estońskie cele w UE oraz wizję rozwoju w ramach jej struktur. Na arenie Unii Estonia miała wspierać budowanie otwartego i konkurencyjnego wspólnego rynku europejskiego. Jako jeden z najbardziej zinformatyzowanych krajów na świecie, Estonia postanowiła kłaść nacisk na innowacyjność i rozwój, oraz wspieranie nowych technik mających przybliżyć władzę obywatelom (głosowanie przez internet, e-administracja). W kontekście relacji z Rosją ważne było podkreślenie konieczności prowadzenia wspólnej polityki w zakresie bezpieczeństwa.

 Raport Komisji Europejskiej na temat spełniania przez państwa członkowskiego kryteriów konwergencji zwrócił uwagę tylko na niedostosowanie ustawy o banku centralnym (Eesti Pank) do regulacji UE. Poza tym Estonia spełniała wszystkie kryteria fiskalne i pieniężne. Inflacja w 12 miesiącach poprzedzających sierpień 2004 r. wynosiła 2 proc. Jako jedyny z krajów nowo przyjętej dziesiątki i jako jeden z niewielu w całej UE, Estonia odnotowywała nadwyżki budżetowe - 2,6 proc. PKB w 2003 r. i 3,1 proc. PKB w roku następnym. Ze wskaźnikiem 5,8 proc. za 2003 r., który w roku następnym obniżył się 0,5 pkt. proc., była też w czołówce jeśli chodzi o niski poziom  zadłużenia publicznego. Wskaźnik długoterminowych stóp procentowych w sierpniu 2004 r. wynosił 4,6 proc.

Skutkiem tak dobrej kondycji finansowej kraju było przystąpienie do systemu ERM II już w czerwcu 2004 r. Estońska gospodarka oparta była głównie na wydatkach konsumenckich. Statystyczny Estończyk jak w 2000 r. zarabiał 9 tys. dolarów, tak w 2007 r. zarobki jego wyniosły ponad dwa razy więcej - 20 tys. dol. Na rozwój gospodarki wpływała polityka rządu (podatek liniowy, prostota rozliczeń podatkowych (w Estonii wypełnienie PIT-u zajmuje niecałe 20 minut!), praktycznie brak opodatkowania dochodów zainwestowanych w rozwój firmy) sztywne powiązanie kursu korony z euro, niska inflacja oraz niska stopa procentowa, umożliwiająca zaciąganie tanich kredytów. Powszechna informatyzacja i znajomość języka angielskiego były jedynie kolejnymi zachętami dla zagranicznych inwestorów. Wzrost eksportu w 2005 r. doprowadził do wzrostu zatrudnienia. Bezrobocie wynoszące 10 proc w 2004 r. spadło o 2 pkt. Proc. Jednocześnie notowano bardzo wysoki odpływ siły roboczej, głównie rzemieślników - według szacunków w Finlandii pracowało od 150  do 200 tys. Estończyków. Problemem były także niski przyrost naturalny i brak większych ośrodków akademickich.

Oznaki spowolnienia pojawiły się jednak już w 2005 r. Wprawdzie nadal utrzymywał się wysoki wzrost w wysokości 10,5 proc. ( w 2006 r. jeszcze więcej - 11,4 proc.), jednak powoli zaczynała rosnąć inflacja: od 4,1 proc w 2005 r., by w 2007r. osiągnąć 7,1 proc. Podobnie jak na Łotwie,  z powodu sztywnego kursu korony, nie można było tego zjawiska zwalczyć monetarnymi środkami. Niskie kredyty doprowadziły do boomu, głównie na rynku nieruchomości, a większość tych inwestycji była finansowana przez zagraniczne banki (głównie fińskie i szwedzkie). Obniżający się poziom popytu krajowego, niski poziom eksportu oraz szybko rosnące ceny doprowadziły do stopniowego spowalniania gospodarki. Realny wzrost PKB zaczął spadać z końcem 2007r. By pod koniec 2008 r. przekroczyć granicę zera. Z kolei na początku 2008 r. inflacja wynosiła już nieco ponad 10proc., zaś w w maju odnotowano największy od 9 lat spadek produkcji przemysłowej. Utrzymywało się natomiast stosunkowo niskie bezrobocie w wysokości niecałych 3 proc. (17 tys. obywateli), jednak  spadający poziom konsumpcji oraz narastające efekty globalnego kryzysu, doprowadziły do wielu zwolnień. Skutkiem tego odsetek bezrobotnych w lutym 2009 r. wzrósł do 6 proc. - najwięcej od 6 lat. Na te niepokojące dane zwracał uwagę raport o konwergencji, w którym Komisja zaleciła zaostrzenie polityki fiskalnej.  

W obecnej sytuacji nikt nie jest w stanie przewidzieć kiedy nastąpi wejście Estonii do strefy euro. Ostrożne szacunki zakładają, iż lata 2009-2010 upłyną jeszcze pod znakiem recesji, dlatego wprowadzenia wspólnej waluty można się spodziewać najwcześniej w 2011 r.

Estończycy od początku w większości okazywali zadowolenie z przystąpienia do struktur europejskich. Według badań EMOR ((Estonian Market Opinion Research) poparcie dla integracji w maju 2004 r.  wahało się od 60 do 61 proc. Zgodnie z wynikami Eurobarometru z tego okresu, 56 proc. mieszkańców uważało, iż kraj skorzystał na członkostwie w UE. Trzy lata później odsetek ten wzrósł do 72 proc., zaś w maju 2007r. - według EMORu - osiągnął rekordowe 85 proc. Pod koniec 2008r. Estończycy byli drugą (po Irlandii) najbardziej zadowoloną z integracji nacją w UE.

Estonia wspierała ideę Traktatu Lizbońskiego, co potwierdziła ratyfikacją tego dokumentu przez Riigikog  11 czerwca 2008 r. Dokument został podpisany przez prezydenta Toomasa Hendrika Ilvesa 19 czerwca 2008r.

Estonia opowiada się też za dalszymi rozszerzeniami UE, poza „27”, podkreślając wpływ powiększenia państw członkowskich na zwiększenie roli Unii w świecie oraz  pokoju i bezpieczeństwa. Jest nie tylko za przyjęciem krajów Bałkańskich, ale i Turcji.

Ważnym przedsięwzięciem  sygnowanym także przez Estonię jest strategia UE dla Regionu Morza Bałtyckiego. Inicjatywa z końca 2007r., wpisująca się w koncepcję Wymiaru Północnego z 1997r., jest wspierana przez kraje UE, Rosję, Norwegię i Islandię. Estonia w ramach pracy nad realizacją tego projektu kładzie szczególny nacisk na ochronę środowiska oraz współpracę regionalną.

Zważywszy na liczącą 25 proc. społeczeństwa rosyjskojęzyczną mniejszość, historyczne animozje oraz interesy obu stron, Estonia bardzo uważnie i ostrożnie patrzy na relacje z Rosją. Po wojnie gruzińsko - rosyjskiej w 2008 r., Estończycy wprawdzie dalej podkreślali konieczność kontynuowania współpracy z Moskwą - głównie w zakresie ochrony środowiska oraz kontaktów między obywatelami; jednak Tallin poddał w wątpliwość dzielenie przez UE i Rosję wspólnych wartości. Nawoływano jednocześnie do ponownego przemyślenia charakteru relacji z Rosją i wysłania silnego poparcia ze strony UE dla krajów znajdujących się na wschodniej ścianie Unii.

Estonia, tak jak inne nowo przyjęte kraje członkowskie skorzystała z hojności Unii. W latach 2004-2006 otrzymała z kasy unijnej około 510 mln euro (5,8 mld EEK), co stanowiło 2,4 proc. całości funduszy jakie otrzymały nowo przyjęte kraje. Obok Słowenii, była krajem który najsprawniej radził sobie z wydawaniem funduszy. W budżecie na lata 2007-2013 Estonii przypaść ma 3,4 mld euro.

W wyniku wyborów z 13 czerwca 2004, do Europarlamentu dostało się 6 przedstawicieli Estonii. Zwyciężyła Partia Socjaldemokratyczna z 36 proc. głosów, co umożliwiło jej delegowanie 3 przedstawicieli, którzy przystąpili do frakcji Europejskich Socjalistów.  Tunne Kelam, wybrany z listy Pro Partii przystąpił do Europejskiej partii Ludowej. Z kolei Siiri Oviir z Estońskiej Partii Centrum oraz Toomas Savi z Estońskiej Partii Reform zasilili szeregi Porozumienia Liberałów i Demokratów na rzecz Europy. Frekwencja w wyborach była jedną z najniższych w Europie - 26,8 proc.