Stała wystawa muzeum pokazuje strukturę hitlerowskiego aparatu represji, ludzi, którzy nim kierowali, życie innych narodów, w tym Polaków, pod okupacją oraz ściganie zbrodniarzy hitlerowskich i proces rozliczenia nazistowskiej przeszłości w Niemczech. Główną ekspozycję będą uzupełniać wystawy czasowe. Dyrektor muzeum Andreas Nachama rozważa zorganizowanie specjalnej wystawy poświęconej okupacji hitlerowskiej w Polsce.

Nowe muzeum mieści się w centrum Berlina, w miejscu, gdzie do 1945 roku działały najbardziej zbrodnicze hitlerowskie instytucje - Gestapo, SS i Główny Urząd Bezpieczeństwa Rzeszy. „To stąd nazistowska zaraza rozniosła się na całą Europę" - powiedział Nachama. Otwarcie muzeum i centrum dokumentacyjnego stanowi ukoronowanie ponad 20-letnich starań o utworzenie w tym miejscu placówki ukazującej mechanizm nazistowskiego terroru. Pierwsze plany powstały pod koniec lat 80-tych, budowę rozpoczęto w 1997 roku, ale opóźniały ją rosnące koszty i zmiany koncepcji.
Na terenie byłej siedziby Gestapo i SS znajdowała się do tej pory prowizoryczna wystawa pod gołym niebem, którą co roku odwiedzało pół miliona osób.