Frantiszek Blanarik podjął taką decyzję po ujawnieniu jego komunistycznej przeszłości. Powodem była informacja Instytutu Pamięci Narodowej (UPN), który ujawnił, że Blanarik był do 1989 roku agentem kontrwywiadu komunistycznych Wojskowych Służb Bezpieczeństwa (Vojenskej Kontrarozvedki - VKR).

Blanarik został szefem Urzędu Bezpieczeństwa Narodowego w roku 2006. Był nominantem politycznym Ruchu na Rzecz Demokratycznej Słowacji (HZDS) byłego premiera Vladimira Mecziara. Został zlustrowany na podstawie niepełnej dokumentacji, ponieważ kolejne słowackie ministerstwa obrony zlikwidowały tysiące teczek komunistycznego kontrwywiadu.
Nowe akta uzyskane z czeskiego archiwum MSW dowiodły niezbicie, że Blanarik był rezydentem kontrwywiadu zarejestrowanym pod kryptonimem "Fero". Już w wojsku donosił na swoich kolegów. Zadenuncjował swojego przyjaciela, który "przenocował w swoim mieszkaniu rodzinę z zachodnich Niemiec". Jego oficer prowadzący notował, że "Blanarik był znakomitym agentem. Dbał o konspirację i chętnie informował o swoich kolegach".

Podając się do dymisji szef Urzędu Bezpieczeństwa Narodowego powiedział, że nie czuje się winny i odchodzi ze względu na naciski polityczne. Rządząca koalicja Ivety Radiczovej od dawna podejrzewała Blanarika o agenturalną przeszłość, ale nie miała na to wystarczających dowodów.