Według Amnesty International – jednej z organizacji pozarządowych zajmujących się ochroną praw człowieka – wśród przebywających na Kubie więźniów są również osoby, które „po prostu znalazły się w złym miejscu o złej porze i tacy, którzy zostali przekazani USA przez Pakistan i Afganistan w zamian za nagrody pieniężne rzędu tysięcy dolarów”. Mówi się także o dzieciach poniżej 13 roku życia, które znalazły się w pierwszym transporcie więźniów.

Żadna z przebywających w Guantanamo osób nie stanęła do tej pory przed sądem i nie usłyszała oficjalnych zarzutów, ani nie została przesłuchana w obecności prawnika, co stwarza możliwość wymuszania zeznań. Ci z kolei, którzy zostali zwolnieni, nie otrzymali rekompensaty za doznaną krzywdę.

Oskarżeni o terroryzm otrzymują status „enemy combats” (walczących w armii wroga), a nie jeńców wojennych, dlatego nie chronią ich prawa konwencji genewskich. Co prawda amerykański Sąd Najwyższy uznał, że więźniowie mogą podważyć przed sądem zasadność statusu, jednak na przełomie 2004 i 2005 roku uchylono go tylko 38 osobom spośród 558 usiłujących dowieść swojej niewinności. Więzienie opuściło w tamtym okresie tylko 28 więźniów.

Przez długi czas istnienia więzienia w Guantanamo nie była również znana lista nazwisk przetrzymywanych tam osób: było tak aż do marca zeszłego roku, kiedy to podano do publicznej wiadomości dane większości więźniów. Dlatego do tej pory nie jest znana dokładna ich liczba – mówi się o „setkach”, ale najbardziej prawdopodobną liczbą wydaje się być około 500. Warto również podkreślić, że przez dłuższy czas nie miał do nich dostępu Międzynarodowy Komitet Czerwonego Krzyża., a obecnie jest on jedyną organizacją pozarządową, którą dopuszczono do przetrzymywanych.

Nawet zeszłoroczne próby inspektorów ONZ bezpośredniego dotarcia do więźniów zakończyły się fiaskiem, co spowodowało konieczność oparcia raportu na temat warunków, w jakich przetrzymuje się podejrzanych o terroryzm, jedynie o wywiady z byłymi więźniami, ich rodzinami i prawnikami. Była to główna przyczyna, dla której powstały po osiemnastomiesięcznym dochodzeniu raport został skrytykowany przez rzecznika Białego Domu – Seana McCormacka – jako „oparty na pogłoskach”.

Przez cały czas władze Stanów Zjednoczonych odpierają wszelkie zarzuty o łamanie praw człowieka w więzieniu w Guantanamo. Rząd USA określa osoby tam przetrzymywane jako „wrogich bojowników” czy „terrorystów” odmawiając im jednocześnie prawa do niewinności. Sprawę pogarsza fakt podpisania przez George’a W. Busha Ustawy o Komisjach Wojskowych, na mocy której prezydent jest uprawniony do ogłaszania wyroków śmierci w sprawach prowadzonych przeciwko „wrogom”. Ustawa, według Amnesty International, ma dyskryminujący charakter, ponieważ w sprawach prowadzonych przed komisjami wojskowymi obowiązują „niższe standardy przyjmowania dowodów”. Tym samym rząd amerykański zniósł nadzór sądów krajowych nad sytuacją w Guantanamo,  ponieważ ustawa dodatkowo likwiduje ich uprawnienia do rozpatrywania wniosków obcokrajowców o stwierdzenie legalności uwięzienia. Również wydany niedawno komunikat armii Stanów Zjednoczonych stwierdza, że dochodzenie w sprawie łamania praw człowieka w więzieniu na Kubie nie przyniosło dowodów na dokonywanie nadużyć.

W piątą rocznicę powstania więzienia w Guantanamo w ponad dwudziestu miastach na świecie odbyły się demonstracje wzywające do natychmiastowego uwolnienia przetrzymywanych na Kubie więźniów lub postawienia im zarzutów i sprawiedliwego osądzenia, ukarania osób odpowiedzialnych za torturowanie więźniów czy wreszcie zamknięcia więzienia. Wśród osób popierających akcję są także amerykańscy politycy, m.in. byli prezydenci USA – Bill Clinton, Jimmy Carter oraz senatorowie - Patric Leathy oraz Joseph Biden z Komitetu ds. Sądownictwa Senatu USA.  

Wydaje się, że bez spełnienia powyższych postulatów wizerunek Stanów Zjednoczonych jako kraju wierzącego w rządy prawa ucierpi, a USA stracą moralne prawo do wypowiadania się w kwestiach związanych z ochroną praw człowieka.