W nocy z 25 na 26 lutego 1992 r. w Khojaly - miasteczku, położonym na północno-wschodnich terenach Górnego Karabachu, zginęło kilkaset niewinnych ludzi, próbujących zbiec przed wojną. O tę tragedię Baku obwinia ormiańskich żołnierzy oraz rosyjską 366. jednostkę zmotoryzowaną, biorącą udział w pogromie wbrew rozkazom swojego dowództwa. Takiego samego zdania są organizacje międzynarodowe: Memoriał i Human Rights Watch. Erywań do dziś nie chce wziąć odpowiedzialności za Khojaly, a fakt ten jeszcze bardziej komplikuje i tak złożone relacje ormiańsko-azerskie.

Pogrom w Khojaly odbył się cztery lata po wybuchu wyniszczającej wojny o Górny Karabach. Była ona skutkiem polityki narodowościowej Związku Radzieckiego, która polegała na wyznaczaniu granic części składowych Federacji bez uwzględnienia kryterium etnicznego. Elementem tej polityki było przyłączenie Górnego Karabachu, terytorium zamieszkałego w większości przez Ormian, do Azerbejdżanu. Nastąpiło to w latach dwudziestych minionego stulecia. Pod koniec lat osiemdziesiątych XX w. karabascy Ormianie pod wpływem idei odrodzenia narodowego rozpoczęli manifestacje z żądaniami przyłączenia tego terytorium do Armenii. Demonstracje przerodziły się w walki narodowościowe, a te doprowadziły do wojny, w wyniku której Armenia wkroczyła na tereny Górnego Karabachu. Miasteczko Khojaly znajduje się w jego północno-wschodniej części. W 1992 r. liczyło ok. 6 tys. osób. Od jesieni 1991 r., w wyniku okupacji terenów azerskich przez Armenię, Khojaly straciło dostęp do elektryczności, a jedyna droga łącząca je ze strategicznym miastem Agdam została odcięta. Mieszkańcy Khojaly zamierzali opuścić miasteczko i udać się na uchodźctwo. Podczas podróży, po przekroczeniu granicy azersko-ormiańskiej, zostali oni brutalnie wymordowani przez uzbrojone oddziały Ormian. Według azerskich danych  zginęło wtedy ponad sześćset osób, w tym kobiety i dzieci. Żołnierze wykazali się przy tym bezwględną brutalnością – ofiary palono  żywcem, skalpowano je, przebijano bagnetami, wyłupywano im oczy  i ścinano głowy, a kobiety ciężarne pozbawiano płodu.


Według Azerów masakra ta została dokonana ze względu na narodowość mieszkańców wioski, a więc była czystką etniczną obliczoną na wyeliminowanie przedstawicieli narodu azerskiego z terytoriów Górnego Karabachu. Erywań nie bierze na siebie odpowiedzialności za tę tragedię. Tłumaczy się, że była ona nieuniknioną konsekwencją wojny – celem żołnierzy ormiańskich miały być oddziały Azerbejdżanu eskortujące uchodźców, a w wyniku starcia militarnego obu stron konfliktu w ogień walki dostali się także cywile, którzy przypadkowo znaleźli się na linii frontu. Ze strony ormiańskiej wysuwane są teorie, jakoby żołnierze azerscy byli mordercami, ponieważ strzelali do własnych obywateli w celu torowania sobie drogi ucieczki. W Armenii nie uznaje się też tak dużej liczby ofiar (613) i zarzuca się Baku manipulowanie danymi. Tymczasem według Human Rights Watch argumenty Armenii nie są wystarczające, by uzasadnić taką wersję tragedii, ponieważ  masowy mord na cywilach nie ma usprawiedliwienia, a strona atakująca jest w każdych okolicznościach zobowiązana do tego, aby jak najbardziej zminimalizować zagrożenie dla ludzkiego życia. „Odpowiedzialność za śmierć cywili w Khojaly spoczywa na ormiańskich żołnierzach. Nie ma żadnych dowodów, które wskazywałyby na popełnienie tego czynu przez drugą stronę konfliktu” - głosi oświadczenie Human Rights Watch.  Ormianie opowiadający się za uznaniem winy swojego państwa przypuszczają, że data mordu została wybrana nieprzypadkowo w akcie zemsty za pogrom w Sumgait. W mieście tym 29 lutego 1988 roku, w przededniu wybuchu konfliktu o Górny Karabach, doszło do ataków na tle etnicznym, w wyniku których 41 Ormian poniosło śmierć, a rannych było ponad 2 tysiące. Ormianie zamieszkujący Sumgait zostali wygnani z miasta, w wyniku czego 96% jego ludności stanowią dziś Azerowie. Potwierdzeniem tego argumentu są słowa byłego Ministra Obrony Armenii Serge Sarkistana: „Przed Khojaly Azerowie myśleli, że nie jesteśmy w stanie podnieść ręki na ludność cywilną – przełamaliśmy ten stereotyp. Wśród naszych żołnierzy w Khojaly mogli być chłopcy, którzy kiedyś zbiegli z Sumgait”.

Pomimo stanowiska organizacji międzynarodowych i dowodów zbrodni, Armenia nie bierze na siebie odpowiedzialności za tragedię. Ponadto – według Baku – jej rząd uprawia  propagandę na rzecz oddalenia od siebie zarzutów, zarówno wobec własnych obywateli, jak i na arenie międzynarodowej. Azerbejdżan domaga się od Armenii i całej społeczności międzynarodowej uznania pogromu w Khojaly jako ludobójstwa na własnym narodzie (zachodnie media nadal definiują tę tragedię jako „Khojaly massacre”, tym samym nie uznając jej faktycznie za ludobójstwo).

Odżegnywanie się Armenii od wzięcia odpowiedzialności za Khojaly, dążenia do uznania tych wydarzeń za ludobójstwo, a także znikoma wiedza społeczności międzynarodowej o pogromie - to czynniki, przyczyniające się do powstania kampanii społecznej na rzecz Khojaly (International Awareness Campaign), której motto brzmi: „Justice for Khojaly. Freedom for Karabakh”.(www.justiceforkhojaly.org). Rozpowszechniając na skalę globalną, za pomocą internetu i innych środków masowego przekazu, drastyczne materiały (w postaci zdjęć pomordowanych i filmów z miejsc zbrodni), będące świadectwem tragedii, jej działacze starają się podnieść poziom świadomości publicznej dotyczącej tego problemu. Kwestia ta pozostanie jednak nierozwiązana, dopóki nie osiągnie się porozumienia na szczeblu międzypaństwowym.

W toku konfliktu o Górny Karabach po obu jego stronach przelało się wiele niewinnej krwi. Aby budować sąsiedztwo, oparte na pokoju i wzajemnym zrozumieniu, potrzeba wzajemnego uznania win. Dopiero wtedy możliwy będzie postęp w negocjacjach pokojowych. Trwają one od lat, ale strony nie robią dużego postępu. Z tego powodu pojawiają się nawet spekulacje na temat wybuchu nowej wojny azersko-ormiańskiej. Wypowiedź jednego z młodych Azerów na temat Khojaly stanowi nie najlepszą przepowiednię przyszłości relacji na linii Baku - Erywań: "To ludobójstwo zmusza nas do zemsty. I ona musi się dokonać, aby pomordowanym oddać hołd. Dopóki ta zemsta nie będzie miała miejsca, pokój jest niemożliwy!...”