Gdy w 1989 r. doszło w Sudanie do kolejnego wojskowego zamachu stanu pod przywództwem obecnego prezydenta Omara Hassana Al.-Baszira, nowa ekipa oskarżyła poprzednie rządy o zbytnią ugodowość w stosunku do rebeliantów z południa. Dojście do władzy Al.-Baszira wraz ze wspierającymi go organizacjami islamistycznymi przekreśliło na wiele lat szanse na porozumienie w kwestii autonomii południa. Dopiero pod wpływem stałej międzynarodowej presji, po blisko 16 latach krwawych starć, strony uzgodniły treść ostatecznego układu pokojowego, którego uroczyste podpisanie miało miejsce w styczniu 2005 r. w Nairobi. Porozumienie zakłada, że w ciągu sześcioletniego okresu przejściowego południowa część kraju zostanie objęta daleko idącą autonomią, a dochody z eksploatacji znajdujących się tam złóż ropy będą dzielone po połowie między Chartumem a władzami autonomii. W całym kraju zostaną przeprowadzone w pełni wolne i demokratyczne wybory, a w dalszej kolejności mieszkańcy południa zadecydują w referendum o przyszłym statucie regionu, w tym o ewentualnej niepodległości.