Pierwszą podstawową zmianą wprowadzoną na skutek zamachów z 11 września było prawne przekazanie odpowiedzialności, za kontrolę pasażerów na ręce rządowych organizacji. Do tej pory bowiem za skanowanie pasażerów oraz bagaży wnoszonych przez nich na pokład samolotów odpowiedzialne były władze poszczególnych lotnisk. Zasada ta dotyczyła zarówno lotów wewnątrzkrajowych, jak i międzynarodowych.

Szereg inspekcji wykazało, iż lotniska bardzo często scedowały to zadanie na prywatne firmy ochroniarskie, zatrudniane w celu pilnowania porządku na terenie całego lotniska. Problem w tym, iż owe firmy często zatrudniały niewykwalifikowanych pracowników, którzy nie przeszli odpowiedniego szkolenia, dającego im wiedzę wymaganą przy wykonywaniu tego typu czynności. Ludzie tacy nie potrafili rozpoznawać wyświetlanej na monitorze komputera zawartości skanowanego przez siebie bagażu, ani też dokładnie prześwietlać przechodzących przez bramki kontrolne pasażerów.

Falę krytyki wywołały również informacje, jakoby firmy ochroniarskie stosowały praktykę zatrudniania osób z przeszłością kryminalną. Fakt powierzenia odpowiedzialności za bezpieczeństwo setek ludzi znajdujących się na pokładzie samolotów w ręce osób skazanych prawomocnymi wyrokami sądów doprowadził do stopniowego rezygnowania z tego typu usług oferowanych przez prywatne firmy.

Ich miejsce przejęli, choć nie wszędzie, pracownicy rządowych agencji, które po wprowadzeniu odpowiednich zapisów do amerykańskiego prawodawstwa, stały się jedynymi organami odpowiedzialnymi na kontrolowanie pasażerów na lotniskach.

Agencje takie, z racji nie dysponowania odpowiednią ilością własnych pracowników, mogących przeprowadzać kontrole bezpieczeństwa na wszystkich lotniskach w kraju, z czasem zdecydowały się na dalsze zatrudnianie prywatnych agencji ochroniarskich.  Z tą jednak różnicą, iż firm takie, aby dostać pozwolenie na wykonywanie swoich obowiązków, musiały uzyskać odpowiedni certyfikat, uprawniający je do kontynuowania swojej działalność.

Aby takie certyfikat otrzymać, firmy te musiały spełnić szereg wymogów stawianych przez rządowe agencje, do których zaliczał się m.in. zakaz zatrudniania pracowników notowanych za popełnienie przestępstwa w przeszłości.

Ponadto zaostrzeniu uległy same procedury sprawdzania pasażerów udających się na pokład samolotu. Pomijając takie czynności, jak obowiązkowe zdejmowanie obuwia, które również jest poddawane skanowaniu, każdy pasażer przechodzący przez bramkę kontrolną, w przypadku wykrycia przez nią elementów metalowych, jest dodatkowo skanowany przez pracownika ochrony za pomocą specjalnego ręcznego wykrywacza.

Warto też wspomnieć o wprowadzeniu kategorycznego obowiązku legitymowania się odpowiednim dokumentem tożsamości przez wszystkich pasażerów. Zdarzało się bowiem w przeszłości, iż pomimo braku możliwości odpowiedniego potwierdzenia tożsamości pasażera, był on wpuszczany na pokład samolotu. W chwili obecnej wszyscy, którzy chcą udać się w podróż samolotem, muszą legitymować się dokumentem, za pomocą którego pracownik ochrony będzie w stanie sprawdzić wszystkie wymagane dane osobowe poszczególnego pasażera. Dodatkowo, dane takiej osoby muszą zgadzać się informacjami zawartymi na bilecie.

Kolejną zmianą wprowadzoną w celu zwiększenia bezpieczeństwa podróżnych był zakaz wnoszenia do samolotu szeregu przedmiotów, które do tej pory nie były brane pod uwagę. Warto bowiem pamiętać, iż zamachowcy z 11 września w celu przejęcia kontroli na samolotami, posługiwali się małymi nożyczkami służącymi do rozcinania kopert. Tego typu przedmioty do czasu zamachu swobodnie mogły być wnoszone na pokład samolotów. Teraz miało się to zmienić.

Na listę zakazanych  rzeczy zostały więc dodane np. wszelkie przedmioty mające ostre zakończenia. Stąd też pasażerowie udający się w podróż nie mogli posiadać ze sobą nożyczek do paznokci, plastikowych nożyków lub innych tego typu rekwizytów. Co więcej, władze wprowadziły również odpowiednie regulacje dotyczące możliwości wnoszenia na pokład samolotów wszelkiego rodzaju płynów.

Od roku 2006, kiedy to rząd uchwalił odpowiednie prawo, na pokład maszyny można wnosić płyny w ilości nie przekraczającej 100ml. Dodatkowo, wszystkie wnoszone przez pasażera substancje muszą znajdować się w przezroczystych pojemnikach, które również są poddawane specjalistycznej kontroli. Wszystko to w celu uniknięcia ryzyka wykorzystania płynów jako materiałów wybuchowych.

Zwiększeniu bezpieczeństwa podróżnych miały służyć również zmiany wprowadzone na pokładach samolotów. Po 11 września wszystkie samoloty amerykańskich linii lotniczych zostały wyposażone w kuloodporne drzwi oddzielające kabinę pilota od reszty pokładu. Dostęp do tego pomieszczenia mają jedynie członkowie załogi. Co więcej, w przypadku próby porwania samolotu, pilot ma obowiązek sprowadzenia maszyny na ziemię bez względu na to, co dzieje się poza kabiną. Chodzi tu przede wszystkim o możliwość szantażowania pilotującego uśmierceniem pasażerów na wypadek niespełnienia żądań porywaczy.

Ponadto piloci posiadają obecnie prawo wnoszenia na pokład samolotu broni palnej. W przypadku tej zmiany zastrzeżono jednak, iż taka osoba musi najpierw przejść odpowiednie szkolenie w posługiwaniu się pistoletem na pokładzie maszyny latającej.

Władze federalne postanowiły również większych liczbę agentów, którzy mają latać na poszczególnych trasach. Osoby takie, podróżujące incognito mają obserwować to, co dzieje się na pokładzie w trakcie lotu i w razie zaistnienia ryzyka zakłócenia bezpieczeństwa lotu, interweniować.

Wprowadzane systematycznie dodatkowe środki ostrożności spotykały się z wieloma głosami krytyki zarówno w środowiskach broniących praw człowieka, jak i ze strony zwykłych pasażerów. Bardzo często było słychać opinie, iż feralnego 11 września nie zawiodły systemy bezpieczeństwa, a fakt, iż nikt wcześnie nie rozważał takiego sposobu porwania samolotu. Zdaniem wielu komentatorów, obecna świadomość wystarczyłaby, aby uniknąć powtórki sytuacji i dodatkowe obostrzenia na lotniskach nie są potrzebne.

Krytyce poddano również wpisywanie na listę przedmiotów zakazanych do wnoszenia na pokład samolotu takich rzeczy, jak nożyczki. Zdaniem wielu osób, potencjalny zamachowiec w celu przejęcia kontroli nad maszyną może posłużyć się niemal każdym narzędziem. W ostateczności zawsze może do tego użyć własnych rąk.

Trudno dokładnie ocenić na ile zaostrzenie środków bezpieczeństwa na lotniskach oraz pokładach samolotów przyczyniło się do zmniejszenia ryzyka przeprowadzenia kolejnych zamachów. W dalszym ciągu jest to kwestia dyskusyjna, wzbudzająca wiele kontrowersji. Wiadomo na pewno, iż skutkiem zmian wprowadzonych po zamachach z 11 września, jest wydłużenie czasu kontroli pasażerów oraz niedogodności związane chociażby z koniecznością zdejmowania obuwia przed przejściem przez bramkę kontrolną.